La actividad intelectual de Eugenio Espejo se desarrolló en una versatilidad de facetas: aunque sobre todo se lo conoce como literato y médico, fue periodista, educador, reformador social y económico y pensador político. Hay quien afirma que el conjunto de su obra y su pensamiento está dirigido por una frustración existencial: ser conocido como "bello espíritu". Repudiado por su extracción social, Espejo buscó el reconocimiento a través del ejercicio de las letras; pero éstas, comprendidas al igual que la medicina como una forma de servicio y de compromiso social, lo llevaron al combate por la reforma de la sociedad. Ser "bello espíritu" significó entonces un juego constante entre esconderse y mostrarse, entre usar el anonimato panfletario y firmar sus escritos.
En cuanto a sus ideas políticas, es común decir que Espejo fue el gran precursor de la Independencia del Ecuador; sin embargo, esta idea es controvertida. Por un lado están quienes afirman que vislumbró repúblicas autodeterminadas políticamente, defendió la igualdad ante la ley como base del gobierno, profesó un rabioso sentimiento antiespañol y trabó amistad con (o en otros casos tuvo influencia sobre) algunos de los mártires del primer grito libertario: Morales, Quiroga, Salinas, Juan Pío Montúfar.
Por otro lado, sin embargo, hay quienes muestran a un Espejo defensor de la tradición cultural criolla venida de España; un hombre fiel a una monarquía de derecho divino, donde el rey obtenía su poder de las manos de Dios y el trono, por lo tanto, se apoyaba en la religión. Espejo sería así un defensor del absolutismo como forma de gobierno, aunque propagandista de la rebelión en su disimulo. En todo caso, es innegable la influencia que el pensamiento ilustrado tuvo en el proceso político ecuatoriano de independencia. La asimilación de una nueva forma de situarse en el mundo y de comprenderlo fue un medio de cultivo apto para el ejercicio de la crítica y la inconformidad.
Eugenio Espejo radicalizaba sus ideas de protesta desde el local de la Biblioteca Pública. En noviembre de 1791, Espejo fue nombrado como primer bibliotecario de la Biblioteca Pública, constituida con los fondos bibliográficos procedentes de los diferentes colegios jesuitas de la provincia quiteña. Espejo emprendió dos proyectos trascendentales: el establecimiento de la “Sociedad Patriótica Amigos del País de Quito” y la edición del primer periódico en la Audiencia de Quito.
